Le relief particulier du site de CLERY EN VEXIN , constitué d’une butte dominant un vaste plateau et offrant une perception lointaine sur les environs, a conféré, depuis toujours, au village une position stratégique. Ceci explique peut-être une présence humaine très ancienne, comme l’atteste la découverte de nombreux vestiges archéologiques datant du néolithique.
Un oppidum gaulois s’établit sur cette butte, non loin d’une grande voie romaine : la Chaussée Jules César, qui reliait Lutèce à Rouen, et dont le tracé est encore visible aujourd’hui, au hameau du Tillay, parallèlement à la RD14. L’appellation « Cléry » a d’ailleurs pour origine le nom d’un domaine gallo-romain : « Clariacum », formé d’un nom d’homme « Clarus » et du suffixe « iacum ».
Le nom du Vexin vient quant à lui du nom d’un peuple gaulois (les Véliocasses) qui occupaient la région : le pagus Vilcassinus qui devint le pays du Vexin jusqu’au traité de Saint-Clair-sur-Epte en 911.
Une église primitive construite antérieurement au XIe siècle fut détruite lors de la guerre opposant le roi de France et les Ducs de Normandie. Elle fut remplacée par l’actuelle église Saint-Germain, datant du XIIIe siècle. Un prieuré construit à la même époque fut habité par 24 moines. Il ne subsiste aujourd’hui que la dénomination « Clos Prieuré ».
La commune fut le fief de deux seigneuries :
- La seigneurie de Cléry à partir du Xe siècle, comprenant une partie des terres de Cléry, Banthelu et du Tillay,
- La seigneurie de Guiry au XVIe siècle, appartenant à la famille de Poissy puis à la famille de Brossart.
- Deux châteaux furent construits :
- Le château du Logis, dont la façade s’inspire des réalisations de l’architecte François Mansard. Ila aujourd’hui totalement disparu et son emplacement est occupé par des fermes.
- Le château du Bâtiment, dont il subsiste une tour du XVIe siècle, situé à l’emplacement de l’actuelle ferme du Bâtiment. Celui-ci fut remanié en 1750 par le prince hongrois de Rakoczky, époux de Melle de Boislisle, dernière héritière de la seigneurie.
Un décret du Ministère de l’Intérieur du 18 décembre 1890 indique que la commune de CLERY porte depuis cette date le nom de CLERY EN VEXIN.